вообщето в первой части ближе к концу игры(где гордон в мире зен) есть место где вартиконды тебя не трогают пока не появляются летающие мудаки.Может это лаг игры, может это так задумано я не знаю.
В первой части небыло комбайнов (альянса). А во второй части пришли комбайны (альянс) и начали захватывать планету. Вместе с землянами они убивали и вортигонтов. как говорится враг моего врага мой друг. Вот поэтому вортигонты и начали помогать повстанцам. Кстати в первой части вортигонтами управлял огромный пришелец "нихелант". В конце сюжета фримен грохнул его. И в следствии вортигонты потеряли свего предводителя. В сюжет вникать надо)