Как и в оригинальной версии игры, в Counter-Strike: Sourcе друг другу противостоят команда контр-террористов (CT, спецназа) и команда террористов (Т) в серии раундов.
Каждый раунд выигрывается посредством выполнения определённой миссии (такой как подрыв бомбы или спасение заложников), либо после уничтожения всех членов вражеской команды.

Игровой процесс аналогичен таковому в Counter-Strike. Большинство видов оружия также идентично оружию в Counter-Strike 1.6, за исключением щита, который был доступен контр-террористам. В поздних версиях покупка патронов стала производиться автоматически в начале раунда и при покупке нового оружия. Патроны теперь бесплатные, сразу дается полный боезапас при покупке оружия, их также можно пополнить вернувшись на место покупки.
Карты

Все классические карты из оригинальной игры были воссозданы заново, с учетом новых возможностей игрового движка: повышена детализация за счет более проработанных текстур и моделей. В первой версии игры число карт было невелико, но позже разработчики добавляли с помощью системы Steam новые карты, расширяя возможности игры.

В CS:S используются ремейки старых карт, а также несколько новых карт, созданных разработчиками специально для Source-версии. Существует 18 стандартных карт: cs_assault, cs_compound, cs_havana, cs_italy, cs_militia, cs_office, de_aztec, de_cbble, de_chateau, de_dust, de_dust2, de_inferno, de_nuke, de_piranesi, de_port, de_prodigy, de_tides, de_train.

Дополнительные карты также производятся поклонниками игры; существуют и глобальные модификации на основе Counter-Strike: Sourcе, изменяющие стилистику игры и правила боя.

Все карты игры в начале названия содержат буквенный индекс, обозначающий их принадлежность к конкретному типу игры:
de (Defuse) — террористы должны подорвать бомбу в специальных точках закладки, а спецназ — помешать им или обезвредить бомбу.
cs (Counter-Strike) — спецназ должен вывести заложников к точке спасения, а террористы — помешать этому.

Сообществом игроков разработаны и другие, неофициальные типы игры, например:
aim — карты, предназначенные для тренировки одного или нескольких видов оружия; игрок лишён возможности «закупки» выбранного оружия. Карты типов awp, scout, sg (ShotGun), he (HE Grenade), ka (Knife Arena) и других, отличаются от aim только тем, что по началу карты легко определить, какой тип оружия можно использовать
glass — карты, на которых игроки ходят по стеклянному бьющемуся полу, под котором находится пропасть. Цель — убить соперников из другой команды.
ba (Battle Arena) — особые карты-тюрьмы, на которых участники команды CT являются тюремными охранниками, а T — заключёнными. В начале игры у террористов есть только нож, для охранников же есть оружейные с большим выбором оружия. Процесс игры такой: охранники выпускают террористов из камер тюрьмы, а далее приказывают им куда идти или что делать. При этом убивать каждого террориста можно только после того как он нанесёт любой урон CT. Таким образом цель CT — уничтожить всех непослушных заключённых, цель T — убить всех охранников
fy (Fight Yard) — обычно небольшие карты с отсутствием места для закладки бомбы и заложников. Цель — уничтожить силы противника. Особенности карт такого типа в том что на них нельзя покупать оружие, броню и т.д, так как все они лежат в определённых точках.
dm (DeathMatch) — большие карты, созданные специально для игры на серверах с модом DeathMatch.
surf (Surfing) — карты с наличием специальных пандусов, по которым игрок скользит до нужной ему точки.
zm (Zombie Mod) — карты, рассчитанные на большое количество игроков, с огромным количеством различных укрытий для защиты расы людей. Используются только на специальных серверах с установленным модом Zombie Mod.
ze (Zombie Escape) — аналог zm, где необходимо не просто спрятаться, а сбежать в безопасное место и уничтожить всех зомби ядерной ракетой.
as (Assassination) — карты, на которых задача спецназа вывести в точку эвакуации VIP персону, задача террористов помешать эвакуации или просто убить VIP’a.
props или prop — игроки делятся на две команды, одна команда строит себе убежище, из разных деталей, коробок, столбов, чтобы укрыться от противников; обязательно нужно оставить только проход в убежище. Вторая команда выжидает нападения. Через 3 минуты после начала раунда противники начинают атаковать своих соперников. В конце игры команды меняется местами.
dr или deathrun (Death Run) — игроки делятся на две команды: команда спецназа бежит через полосу препятствий, на которой расположены разнообразные ловушки — вылетающие из стен шипы, проваливающийся пол с кислотой, двигающийся лазер и прочее; террористы же смотрят за продвижением первой и активирует эти самые ловушки. В конце полосы испытаний находится оружие, взяв которое прошедший полосу сможет отомстить тем, кто активировал ловушки.
soccer — мод, в котором игроки играют в футбол. В случае попадания в ворота CT или T, команда умирает. Удары по мячу осуществляются ножом поэтому ео можно считать дополнением к ka (отсюда и начало названия карт — ka_soccer)
gg (GunGame) — некое подобие DeathMatch в котором игрок, начиная с самого слабого оружия (пистолет Glock) и в дальнейшем получая за убийство оппонентов более мощное оружие, должен пройти все оружие представленное в CS:S быстрее всех.
mg (Mini Game) — карты, включающие в себя мини игры различной направленности.
xc (Xtrime Climb) — карты, цель в которых пройти с начала до конца карты, для прохождения которой нужно идти ползком, прыгать, съезжать и др. Эти карты похожи на Bh, но они предполагают прохождение не по ровным участкам, а всё время спускаясь и поднимаясь. В xc, как и в bh, нет разницы играть за T или CT. Обычно одна из команд укомплектована.
bh/bhop (bunny hop) — карты, при прохождение которых нужно использовать особую технику прыжков. Обычно, надо прыгать по проваливающимся блокам. Как и в xc, длинные и сложные карты предполагают наличие специального мода, который позволяет прописывать команды !menu и !cp, с помощью которых можно сохраняться